No matter how 〜 で「どんなに〜でも」
「どんなに時間がかかっても」の一般的な言い方は No matter how long it takes かなと思います。it takes a long time ＝「それはとても時間がかかる」が元だとは思うのですが、なぜか time は使いません。
timeを使いたい場合はNo matter how much time it takesになります。
【例文】
No matter how long it takes, I must win the game.
どんなに時間がかかろうとも、この勝負には勝たなければならない。
「どんなに時が過ぎようとも」は
【例文】
No matter how much time passes (by), I will never forget you.
どんなに時が過ぎようとも、私はあなたを忘れないだろう。
No matter how much time goes by, I will be with you.
どんなに時が流れても、私はあなたと一緒にいるからね。
passes はby を入れても入れなくてもいいのですが、goesは必ずbyが入ります。
時間の概念としては「重ねる」というのはあまりないように思います。イメージとしては、passes by が自分の側を通り過ぎていく感じで、goes by が自分の側で流れている感じ（つまりは大体同じ）なので、あとは使う人の好みなんじゃないかなと思います。
「どれだけ時間がかかっても」というのであれば、ネイティブスピーカーはかならず上記の二つのどちらかを使うでしょう。
Goes by / passes by は文法的に正しく文章にできても、誰も話のなかでは使わないと思います。
No matter how much time goes by / No matter how much time passes by
と言えなくはないですが、一番自然と出てくるフレーズは "No matter how long it takes" だと思います。
日本 
