××ではなく○○△△の○○と言いたかったんですって英語でなんて言うの？

「AではなくB」は not A but B ですが、B の部分に「Cause and Effect の Cause」をそのまま入れようとすると、文が煩雑になります。そこでまず 　Sorry, I didn't say "cost" but "cause."（すみません、cost ではなく cause と言いました。） と言いたかったことを先に言いましょう。その後に、 　like in "cause and effect" と付け加えればいいでしょう。つなげれば 　Sorry, I didn't say "cost" but "cause", like in "cause and effect." となります。