はい、まずは「It was only a thought」でも問題無いはずです。
ここを ”a” の代わりに "my” にしてもいいですし、ただ思っていただけ、考えていただけ、という意味であれば伝わると思います♪
同時に、”No, I just thought about it." という言い方、始めは "yes" ではなく、結局やらなかったのであれば "no" で、ただ考えていただけ、思っていただけ、という意味で言うこともまたできますね。
さらに、”I just had it in my mind." 英語は、私たちが使う "頭で考える” というのを "head" という単語ではなく "mind" （心）という単語で表現することが多いため、この場合でも直訳すると ”心にあっただけ” という意味になりますが、実際はこれもまた、”考えていただけ”、という意味で別パターンの表現になりますね。
参考になればと思います。
yasuさんへ
既に先の回答者様がアドバイスされている内容が
ございますので、私からは別表現を紹介いたします。
（ だいぶ前のご質問への回答で恐縮です )
It was just an idea.
でも、「それはただの考えだった」＝思っただけ
というニュアンスを表現できます。
少しでもお役に立てますと幸いです。
yasuさんの英語学習の成功を心より願っております。
LLD外語学院 学院長 前川 未知雄
日本 
