「整える」にもいろいろな意味がありますが、「机の上を整える」の場合は以下のように言えます。
例文1は tidy up を使って「私は机の上を整えた。」
例文2は clean off を使って「私は机の上を片付けた。」clean off は机の上のいらないものを片付けるニュアンスが含まれています。
このほか、
「髪を整える」だと fix one's hair
「ベッドシーツを整える」だと straighten out the sheet
と言えます。
ご参考になれば幸いです!
机の上等を「整える」は英語で「put into order」「organize」や「tidy」色んな言い方があります。
例文:
「机の上を整える」
→「Put my desktop into order」
→「Organize my desktop」
→「Tidy up my desktop」
「部屋を整える」
→「Organize my room」
→「Tidy up my room」
ご参考になれば幸いです。