It led to a problem where people began suffering from water shortage.
It caused water shortage.
It led to a problem that can be described as water shortage.
それだと、problemがVという風になります。 problem や situationは その後に説明を言うときに where....と言います。
何かが原因で水不足になった、などであれば、cause という動詞が良く使われます。
自分たちが水が足りないことになった場合は、
It caused/made us to be lack in water
1文目 人々が水不足に苦しむという問題に繋がった
2文目 水不足を引き起こした。
3文目 水不足と言える問題に繋がった。