If the fee goes over your quote, please let me know beforehand
「If the fee goes over your quote, please let me know beforehand」を推奨します。
これで「貴方の見積金額を超えるようでしたら、事前にお知らせください」となります。
更には、「It'll be hard for me to pay over the quoted amount」と言えば、超えたら支払いが困難になるという事が相手に伝わります。
Please inform us in advance if the estimated amount will be exceeded.
「見積り金額を超える場合には事前にお知らせ下さい」という表現は、英語で "Please inform us in advance if the estimated amount will be exceeded." と言います。これは、修理費用が見積もりを超える場合には、事前に知らせてほしいという意味です。