If the fee goes over your quote, please let me know beforehand
「If the fee goes over your quote, please let me know beforehand」を推奨します。
これで「貴方の見積金額を超えるようでしたら、事前にお知らせください」となります。
更には、「It'll be hard for me to pay over the quoted amount」と言えば、超えたら支払いが困難になるという事が相手に伝わります。