常に物事の本質を見る癖をつけましょう、って英語でなんて言うの？

いろんな言い方があると思います。こういうことを言ってくれる上司はありがたいですね。 the inner nature of things: 物事の本質

素晴らしいアドバイスだと思いますが、ちょっと抽象的ですので、 部下の人が何をしたらいいかが分からない可能性があります。 例えば Always think about "why it's important". （「なぜそれが大切なのか」を常に考えて） のような感じで具体的に伝えられるとベターかなと思いました。

外見やうわべに惑わされることなく、物事の本質を見るように心がけましょう、としました。delude＝惑わす　 appearance=外見、表面上　 perceive=認める、理解する　 the true nature=本質