来ないと思っ（て）たって英語でなんて言うの？

口語で状況に合わせた回答にしました。
You came. 「あなた来たのね」
I thought you wouldn't.「あなたは〜しないと思ったよ」
Hey, I didn't think you would be here today. How are you?　「今日は君は来ないと思ってたよ。元気？」
You are so late. I thought you won't show up.「遅いよ。（遅刻）もう君は来ないと思ったよ。」

Show upは（その場所に）現れる、と言う意味で、待ち合わせに「来る」時にも使います。
その他、Wow, you made it. （来られないと思ったのに来られた時）「来れたのね！」
Hey, you are here!　（ここにいないと思ったのに）「ねえ、君はここにいるじゃない！（来てるんだね！）」

前のアンカーの方が回答してらっしゃる通り、
I thought you wouldn't come here.は、「私はここに来ないと思っていた」
の意味です。

thoughtの後にthat節が続いていますが、thatは自由に省略できるので、省略されています。
この例のように、「過去の時点から見た未来の予測」は、時制の一致を受けて、wouldで表現されます。
類例を挙げます。
I thought she would die.
「彼女は死ぬと思ってた」
I thought they would come to the party.
「彼らはパーティーに来るだろうと思っていた」

以上です。
少しでも参考になれば幸いです(^_^)

★★大阪カフェレッスン英会話講師　KOGACHI