I'd rather not stay at a cheap hotel because I worry about my safety.
I'd prefer not to stay at a cheaper hotel because they are not as safe sometimes.
例文1「自分の安全を思って、安いホテルには泊まりたくない。」というニュアンスです。
I'd rather not stay at a cheap hotel で「安いホテルはやめておきたい」という言い方です。
例文2「(高いのに比べて)安全ではないので安いホテルには泊まりたくない。」というニュアンスです。
I'd prefer not to stay at a cheap(er) hotel で「安いホテルはやめておきたい」という言い方です。
ご参考になれば幸いです!