The type of medicine I'm taking now, doesn't go well with pineapple.
私が今とっている薬の種類は、パイナップルとはうまくいかないんです。
という意味になります。
薬すべてとパインアップルの相性が悪いのではなく、「私のとっている薬」ということで、theで表現することをお勧めします。
go well with...〜とうまくいく
＜豆知識コーナー＞
人間関係を表す時は、
I don't stick together well with boastful people.
（私は、自慢ばかりしている人とはうまくいきません）
stick (together) well .....人間関係がうまくいく
Boastful...............................自慢したがり
どうでしょうか。
最初の言い方は、相性が悪いってという意味として使いました。
最初の言い方では、does not go well はあまり良くないという意味として使います。例えば、The medicine does not go well with me, so I am not able to eat my pineapple. は薬との相性が悪いから、パイナップル食べれないのという意味として使いました。
二つ目の言い方は、あまり好きではないという意味として使いました。例えば、Since I do not like the medicine, I cannot eat pineapples anymore. は薬が好きではないので、パイナップルが食べれなくなったのという意味として使います。
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