Stores don't always carry all the things you want to buy.
Stores don't necessarily have everything you want to buy in stock.
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーStores don't always carry all the things you want to buy.
「お店に欲しいものが売っているとは限らない」
to carry で「店に置いてある・売っている」
ーStores don't necessarily have everything you want to buy in stock.
「お店に欲しいもの全てがあるとは限らない」
to have in stock で「在庫がある」
ご参考まで!