I had been commuting by bicycle for one year at that time.
I used to commute for one year by bicycle.
・I had been commuting by bicycle for one year at that time. (その時、1年間は自転車で通勤していました)
・I used to commute by bicycle for one year. (私は以前、自転車で1年間通勤してました)
・ご質問にいただいた通りこの場合、has beenではなくhad been を使います。has been だと現在のニュアンスが入ってしまうので、had been{~していました(現在はしてない)}が適切です。
・used to (以前)の言い方のほうがシンプルで個人的にはよく耳にするので、こちらもおすすめです。
役に立てていただければ幸いです。