The bowl is empty due to the bread rolls being taken out
Of rolls の of はこの場合ロールパンのことを指します。
of ~ は ○○で と考えてもよいと思います。
「ボウルはロールパンでいっぱいです」
"The bowl is full of bread rolls" など。
The bowl has been emptied of rolls. は特に不自然な表現では
ないのですが emptied という単語は滅多に使われません。
Empty と言う単語そのものが空になったと意味してます。
The bowl is empty of rolls の方がベターです。