丁寧に意味がわからない事を言うならば「What do you mean?」があります。
または、「I'm sorry, but what do you mean?」と言った方がさらに丁寧です。
失礼な言い方は「I don't know what you're talking about」（あなたが何を言おうとしているのか全く意味がわかりません）
丁寧な言い方は:
❶I don’t understand. (意味がわかりません)。
Can you say it again?. (もう一度行ってくれますか？)
直接的な言い方は:
❷I don’t get it. (意味分からん)。
いつもギャグを言ってる友達が私にジョークを言うとき、
いつも冷たく “I don’t get it” て言っちゃいます。
参考に！
こんにちは。
様々な言い方ができると思いますが、例えば次のような英語表現はいかがでしょうか：
What do you mean?
どういうことですか？
I don't understand what you're saying.
あなたが言っていることの意味がわかりません。
don't understand は「意味がわからない」「理解できない」という意味の英語表現です。
ぜひ参考にしてください。
イギリス 
アメリカ合衆国 
