”まとめて”、を直訳すると ”summarize" という単語がありますが、これはどちらかというと「要約して」という話題、課題、案件や問題などを対象にした単語ですので、ニュアンスが異なる今回の場合は使えません。
従って、まず最初の例文はそのままの直訳、「まとめてなんて呼ぶの？」＝ ”How do you call them all together?" 。 この中で、「まとめて」＝ "all together" （直訳：全部一緒に）と言っていますが、”as a whole" （一つの丸ごととして）という表現で入れ替えてみてもいいですね。
また、”What was the word" （～という単語は何だっけ？）という、より簡単な言葉を並べて聞く方法もまた可能ですね。また、今回のように "爬虫類” というような専門用語は何だっけ？と言いたい場合は、この中の ”word" という単語の部分にあえて "vocabulary" （語彙、または意訳して、”専門用語”）と聞けばより伝わりやすいと思います。
ちなみに、答えは「reptiles」（爬虫類）でしたよね。
はい、また英語がんばってください！！
What do you call them as a whole?
全部まとめてなんて呼ぶの？
What do you call them all together?
全部でなんて言うの？
What do you call the group as a whole?
そのグループをまとめてなんて呼ぶの？
Hara Ken さんの言う通り as a whole や all together などの表現を使うと良いと思います。as a whole は「全体として」とか「まとめて」の意味なので伝わりやすいですよ！
例：
Kevin: I forgot, what do you call animals like lizards and crocodiles, as a whole?
ちょっと忘れちゃったんだけど、トカゲとかワニとかの動物を全部まとめてなんて呼ぶんだっけ？
Erik: Reptiles.
爬虫類だよ。
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