1) Where did you think I was going?
「どこに行くと思った?」
これは行く場所に重点が置かれていて、この文の答えは
I thought you were going to school.
「学校に行くと思った。」
などとなります。
逆に2) は、出かけることに重点が置かれていて
2) Were you wondering where I was going?
「どこに行くかと(不思議に)思った?」
となり、この文の答えは
No, not really.
「いや別に。」
などと言えます。
ご参考になれば幸いです!