Japan was the main country affected by this typhoon.
"affected" は「影響を受ける」という意味で、被害の範囲を含む広い意味を持ちます。
例文としては、
Japan was the main country affected by this typhoon. (今回の台風で日本が主に被害を被った。)
他の表現としては、
The typhoon mainly impacted Japan. (台風は主に日本に影響を与えました。)
Japan bore the brunt of this typhoon. (日本がこの台風の主な被害を受けました。)