あれ、道路が少し濡れてる。夜中に雨降ったのかな？って英語でなんて言うの？

「昨夜は雨降っていなかったので、深夜か早朝に雨が降ったのかな？」
"It wasn't raining last night so did it rain in midnight or early morning?" など

この場合独り言のように表現したい場合は最初の文章の wonder if が使えます。
会話などで誰かに質問して聞きたい場合は後者の did it rain という表現が良いです。