Yokoさんの文章の rearrange という動詞の使いは良いと思います。「片付ける」と「模様を変える」の意味があります。もちろんパソコンの位置だったり文房具の置き方だったり rearrange が当てはまります。
「机の上」は (the / my など） desk だけでいいです。机という机はもともと引き出しなどありません。机のものの模様替えをすれば、「上」っていうか、「机」の模様替えの話ですよね。そして the top of my desk までいう必要がありません。引き出しがあってそれを片付けたり模様を変えたりすれば the inside of my desk は言えますが、天板の話の場合は the desk そのままで大丈夫です。
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I rearranged my desk. 「机の上を模様替えしました。」という表現があります。
具体的にパソコンや文房具の配置を変えた場合は、 I reorganized the layout on my desk, including my PC and stationery. 「机の上を、パソコンや文房具も含めて整理し直しました。」という表現も使えます。
役に立ちそうな単語とフレーズ
rearrange: 配置を変える
reorganize: 再編成する
layout: 配置
desk: 机
stationery: 文房具
アメリカ合衆国 
