With a direct flight / transfer it takes ... hours.
直行便は 'direct flight'
乗り継ぎは 'transfer'
「で」はこの場合に 'with' と言います。
「直行便で１０時間かかる」With a direct flight it takes 10 hours.
「乗り継ぎで１４時間かかる」With a transfer it takes 14 hours.
It takes ○ hours by direct flight. / It takes ○ hours with a layover.
「日本から飛行機で何時間かかったの？」と聞かれて答える場合、 It takes ○ hours by direct flight. 「直行便で○時間かかります。」 または It takes ○ hours with a layover. 「乗り継ぎで○時間かかります。」 という表現が考えられます。
「で」を表す "by" と "with" の使い分けについてですが、「直行便で」という場合は "by direct flight"、「乗り継ぎで」という場合は "with a layover" が自然です。
例えば、 It takes 10 hours by direct flight. 「直行便で10時間かかります。」
It takes 14 hours with a layover. 「乗り継ぎで14時間かかります。」
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