「服の上から」は over the clothes と言います。
実際の会話では、「（あなたの）服の上から」になるので、
over your clothesといいます。
I'm going to touch your stomach over your clothes.
「服の上からお腹を触ります。」
I'm going to gently press your stomach over your clothes. Tell me if it hurts.
服の上から優しくお腹を押しますね。痛かったら言ってください。
服の上からではなく、服をめくってほしい時は roll up と言います。
Please roll up your shirt. シャツをめくってくれますか。
Please roll up your sleeve. 袖をまくってくれますか。
Please roll down your sock. 靴下を下げてくれますか。（靴下の場合、下げるのでroll downになります）
以上参考になれば幸いです。
I'm going to touch your abdomen over your clothes.
診察の際に「服の上からお腹に触ります」と伝えたい場合、 I'm going to touch your abdomen over your clothes. 「服の上からお腹に触ります。」という表現が使えます。
また他の表現として、 I'll examine your abdomen through your clothes. 「服を通してお腹を診察します。」とも言えます。
役に立ちそうな単語とフレーズ
touch: 触る
abdomen: お腹
clothes: 服
examine: 診察する
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