1) Eat one at a time.
「一個ずつ食べて。」
one at a time で「一個ずつ」という言い方です。
2) You're getting crumbs all over the place!
「ポロポロそこらじゅうにこぼれてる〜！」
crumbs は「（お菓子やクッキーなどの）クズ」
all over the place で「そこらじゅうに」
ご参考になれば幸いです！
この場合の一個ずつ は one at a time が使えます。
Eat them の them はクッキーのことです。
その場で子供に言うなら one at a time と言うだけでも
OKです。
「ぼろぼろ、こぼしてるしー」
"You're dropping (cookie) crumbs everywhere" など
ぼろぼろと言う効果音は英語ではないので意訳になってしまいますが
（クッキーの）かけらを色んなところに落としてるよ という
表現になります。
日本 
