I've been trying not to use my back too much because of the pain which has made me even more tired.
1) I've been favoring my back so I've gotten tired.
「腰をかばって疲れた。」
「かばう」は favor を使って言います。ただ favor の後ろにはかばう体の部位がくるので、日本語のように「痛みをかばう」と言う時に favor my back pain とは言えません。
2) I've been trying not to use my back too much because of the pain which has made me even more tired.
「腰が痛いのであまり使わないようにしたらもっと疲れた。」
このように言うこともできると思います。
ご参考になれば幸いです!