こういう場合の「納得」は「understand」か「satisfied」になります。「understand」の方は理解したとの表現で「satisfied」は（答えに）満足したのを言い表す使いかたで。最後の「agree」は「同意する」の意味での納得です。
例文：
I understand（わかりました）
I'm satisfied with your answer（あなたの答えに納得/満足しました）
I think I get it now. Thank you for explaining it to me.
That makes sense now.
1) I think I get it now. Thank you for explaining it to me.
「わかったと思います。説明してくれてありがとうございます。」
get it で「理解する」
2) That makes sense now.
「なるほど、わかりました。」
make sense で「意味をなす・理解できる」
ご参考になれば幸いです！
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