二人はそれぞれ別々の船に乗ったって英語でなんて言うの？

この場合、"Each of them" とは「二人はそれぞれ」を表します。
そして、"got on" とは「～に乗りました」を表します。。
最後に "separate ships" は「別々の船」という意味です。

英語で「それぞれ」という表現は難しいから、他の例文を書けます：
１．Each of the children received a Christmas present. 「子供たちはそれぞれクリスマスプレゼントをもらいました。」

2．Each of the homeroom teachers gave a speech at the graduation ceremony「 卒業式でそれぞれの担任の先生はスピーチをしました。

3．Each person has their weak point 「人はそれぞれの苦手があります。」

ご質問ありがとうございます。

"Each of them took a different ship" で問題ありません。

"took" の代わりに "got on" 又は "boarded on" も使えます。

「それぞれ」はこの文脈ですと　"each of them" で良いです。もし二人いる、という話が既に分かっている場合、"of them"を省略することもできます。

➝　"Each got on a different ship."

ご参考になると幸いです。