この場合、"Each of them" とは「二人はそれぞれ」を表します。
そして、"got on" とは「～に乗りました」を表します。。
最後に "separate ships" は「別々の船」という意味です。
英語で「それぞれ」という表現は難しいから、他の例文を書けます：
１．Each of the children received a Christmas present. 「子供たちはそれぞれクリスマスプレゼントをもらいました。」
2．Each of the homeroom teachers gave a speech at the graduation ceremony「 卒業式でそれぞれの担任の先生はスピーチをしました。
3．Each person has their weak point 「人はそれぞれの苦手があります。」
ご質問ありがとうございます。
"Each of them took a different ship" で問題ありません。
"took" の代わりに "got on" 又は "boarded on" も使えます。
「それぞれ」はこの文脈ですと "each of them" で良いです。もし二人いる、という話が既に分かっている場合、"of them"を省略することもできます。
➝ "Each got on a different ship."
ご参考になると幸いです。
アメリカ合衆国 
