この場合の she はお母さんの事を指してます。
「君のお母さん探してるならあっちにいたよ」
"If you're looking for your mother, she was over there" など
もう少し具体的に時間帯などを伝えたい場合は さっきで
just a minute ago という表現も使えます。
一分ほど前と言った意味です。
おっしゃられている内容は、
She was over there.
「彼女はあっちに居たよ」
のように言えます。
あるいは、
I saw her over there.
「彼女をあっちで見たよ」
のように言っても良いですね(^^♪
あとは、場合によっては、
She was looking for you over there.
「彼女あっちで君のこと探してたよ」
と言っても、おっしゃられている文脈には当てはまるかと思いました。
以上です。
少しでも参考になれば幸いです(*^_^*)