直訳はしずらい文ですが、上のような表現で同じニュアンスになります。
It just happenedは、計画なしで、ばったり、何となく出来事があった時です。
It just came upは、話がそういう流れになった、話している間にそういう話題がでてきた、という感じです。
例
（彼に）プロポーズはされてないけど、話の流れでそうなった。
He didn’t propose. It just came up and now we’re engaged.
（now we're engagedは「婚約している」という意味です。）
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