あなたが来れないと知って残念です。って英語でなんて言うの？

どういう意味で残念なのかによって変わります。

その人に残念な気持ちを感じる（ネガティブな意味で）なら「It's disappointing to hear you can't come」が適切かと思います。

ニュートラルな意味で残念なら、質問者様が提案した「I'm sorry to hear you can't come」の方が良いかと思います。

Tomokoさんの最初の文ですが、could ですと過去形になってしまうので、can を使ってあげましょう。
1) I'm sorry to hear you can't come.

Tomokoさんの２つ目の文は、まだ先の出来事のことなので未来形のwill を使ってあげたい気持ちはわかりますが、ここでは使えません。その代わり、近い未来を表すことのできる進行形を使ってあげます。通常決まっている出来事に対して使える言い方です。（ここでは「あなた」が来れないのは決まっているので、現在進行形を使って未来を表せるというわけです。）
2) I'm sorry to hear you're not coming.

もし私なら、下のように言います。
3) I was disappointed to hear you can't make it.
I was disappointed で「私はがっかりした」
make it で「都合をつける」という意味なので、can't make it で「都合をつけられない」＝「来れない」となります。
または、
It's too bad you can't make it.
とも言えます。
It's too bad でも「残念です」という意味になります。

ご参考になれば幸いです！