I thought you are taking a vacation.
あなたは休みを取ってるんだと思ってたけど。
I thought you are not coming today.
今日来ないと思ってたのに。
上の文の前か後にWhy are you here?「なんでここにいるの？」とつけると更に言いたいことに近くのではないかと思います。
I thought you were going on a trip today?
今日旅行に行くんじゃなかったっけ？
・I thought you were on vacation?
休暇中じゃなかったっけ？
上記のように英語で表現することができます。
(go) on vacation は「休暇中」のような意味で、「旅行に行っている」というニュアンスでも使うことができます。
お役に立てれば嬉しいです。
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