I can't tell the difference between A and B.
（私には、AとBの区別がつかないです。）
日本語を言い換えるとこんな感じです：
I can't tell （私にはわからない）
the difference（違いを）
between A and B （AとBの間）
例：I can't tell the difference between the 'r' and the 'l' sound.
（私には、'r'の音と'l'の音の区別がつかないです。）
もし、違いがわかるけどそれでも聞き取れないということであれば、「I can't hear the difference between A and B」でもいいかもしれません。意味は、「私には、AとBの違いが聞こえません。」です。
一番自然な言い方はおそらく：「I can’t tell the difference」です。「tell」はこの場合に「わかる」という意味で、つまり「違いがわからない」です。
ひとみさんの言いたいことはおそらく：「I can’t tell the difference between X and Y」です。
「Differentiate」は少し丁寧な言い方です。よく専門的な場合に使われています。
例文：I can’t differentiate between the imported plants and the domestic plants.
私は輸入植物と国内植物を区別できない。
日本語の「区別する」が英語で「Distinguish」か「Tell the difference」と言います。「Tell the difference」のあとで「between」付けます。
以下は例文です：
彼は正邪を区別できない
ー He can't tell the difference between right and wrong
ー He can't distinguish right from wrong
彼らは目の色で区別できます
ー You can tell them apart by the colour of their eyes.
ー You can distinguish between them by the colour of their eyes.
参考になれば嬉しいです。
区別、は difference （違い）を使うことが多いです。区別する、は distinguish です。
I cannot tell the difference between this word and that word by listening. Their pronunciations are similar.
私にはリスニングではこの単語とあの単語の違い（区別）がわかりません。発音が似ています。
Can you distinguish this color from that one?
あなたはこの色とあの色を区別できますか？
I can’t tell these twins apart.
この双子は区別がつきません。
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