Not only~ but alsoのようにペアで使うのかな？と思った単語を見た時、「この2つの単語は普通ペアで使われるの？」と聞きたかったので。
「combine A with B」を使うのと「as a pair」を使うのではどちらのほうがnaturalなのでしょうか？
また、「ペアで使うの？」と能動態で聞く場合も教えていただけると助かります。
Do you usually use "not only" and "but also" together?
いろいろな言い方が考えられると思いますが、私なら上記のように「これら２つ（not only と but also）はたいてい一緒に使うの？」と訊きます。一番簡単で分かりやすい訊き方かもしれません。
また、ご質問のとおり、"as a pair" を使って、"Do you usually use these two as a pair?"「この２つはたいていペアで使うの？」と訊いてもいいかもしれません。「combine A with B」は「AをBと混ぜ合わせる、結びつける、統合する」なので、ちょっと意味合いが違います。（例：You can combine text with photos using this software. 「このソフトウェアを使って文書を写真につけることができます」）
ご参考になれば幸いです。
日本 
