'Which would you prefer, top, bottom or next to each other?'
二段ベッドのことでしたら上か下か聞いた方が良いと思うので
この場合 top と bottom をコンマ(,)で分けて選択肢を二つにします。
隣同士は next to each other などと言う表現が良いです。
一つの単語にまとめたい場合は beside を使えば良いでしょう。
丁寧な感じでどちらがいいか聞く場合は which would you prefer など
使います。