I can see a notebook sticking out of the bag.
バッグからノートが突き出しているのが見える。
I can see は「私からはそれが見えてるよ」と言う感じなので、そちらが状況に合うのであればそれでいいですし、単に事実を述べているのであれば I seeでもよいです。
stick out は of で「〜から突き出る」と言うことが多いと思います。
stick out はあくまでノート自身が突き出しているのであって、誰かに突き出されているものではないので、現在分詞でいいと思います。
stick だと説明が難しいので、openにすると
I saw him open the window.
私は彼が窓を開けるのを見た。
I saw him opening the window.
私は彼が窓を開けているのを見た。
特に意味は変わらないと思いますが、openingの方が開ける過程を見ていたような印象を受けます。
I saw a window opened by itself.
私はひとりでに窓が開くのを見た。
窓は本来誰かに開けられて開くものなので、「window が open されるのを見た」という意味で過去分詞になります。
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