確かに難しい表現ですね。
実は「辻褄が合う」ならば
"to be consistent"
と比較的簡単に訳せますが、「辻褄を合わせる」となると不思議なことに急に表現が回りくどくなります。例えば質問者様の例に合わせると、「辻褄を合わせる」を「辻褄が合うように調整する」だととらえ
"Adjust things to maintain consistency"
と訳すことが出来ます。
なお、若干ニュアンスは異なりますが「こまごまとした問題を片付ける」という意味で
"Tie up loose ends"
という言い回しがあります。もしよろしければ代わりに使ってみてください。