I have never called you by name. What should I call you?
I don't think I've ever really called you by name. What would you like me to call you?
1) I have never called you by name. What should I call you?
「今までにあなたのことを名前で呼んだことがありません。なんて呼べばいいですか？」
I have never... で「今までに…したことがない」という言い方です。
2) I don't think I've ever really called you by name. What would you like me to call you?
「今までにあなたのことを名前で呼んだことがないと思う。なんて呼んで欲しいですか？」
もしかしたら１回くらいは名前で呼んだことがあるかもしれないけど覚えていない場合、I don't think I've every ... と言えます。
「なんて呼べばいい？」は
What should I call you?
What would you like me to call you?
などと言えます。
ご参考になれば幸いです！
こんにちは。
さまざまな言い方ができると思いますが、下記のような英語表現はいかがでしょうか：
I've never called you by your name.
あなたのことを名前で呼んだことがありません。
What should I call you?
何と呼べばいいですか？
call で「呼ぶ」を表すことができます。
ぜひ参考にしてください。
What would you prefer? Professor ○○, or Doctor ○○、or ....
ご質問ありがとうございます。
"I'm not sure how to address you."＝「あなたをどのようにお呼びすれば良いか分かりません。」
"What would you prefer?"＝「何がお望みですか？」
"Professor ○○"＝「○○教授」
"or Doctor ○○"=「○○博士」
補足：英語圏では先生をファーストネームで呼んでも良い、という人もいますが、かなり人それぞれなので、相手が "Call me Mary"などと自分から言わない限り、ファーストネームで呼んでも良いですか、と聞かないほうが無難だと思います。
ご参考に。
日本 
アメリカ合衆国 
