1) It doesn't come with whipped cream actually.
「もともとホイップが乗っていないものです。」
come with で「付いている」となり、「ホイップが付いていない」=「ホイップが乗っていない」と言えます。
「ホイップ」は whipped cream
2) This drink is not made with whipped cream.
「このお飲み物はホイップを使っていないです。」
made with ~ で「〜で作られている」となり、「ホイップで作られていない」=「ホイップは乗っていない」と言えます。
ご参考になれば幸いです!