I really wanted to see youとI really wanted to meet with youのどちらも、「私はあなたと本当に会いたかった」といった意味です。
meetとseeの違いですが、meetは「初めて会う場合」で、seeは「以前に会ったことがある場合｣という風に使い分けられています。
ほかに、meetは何か目的があって事前に約束などして特定の場所で会う場合のほうがよく使われています。それに対して、seeには、「こちらから会いに行く」といった一方的なイメージがあります。
Let's meet tomorrow at 5p.m. in front of the station.
あした午後５時に駅前で会いましょう。
I'm going back to my hometown to see my childhood friend.
幼馴染に会うために、実家に帰る予定だ。
I really would have liked to meet you at least one time in my lifetime.
I really would have liked to meet you again. は残念ながら過去形ではありません。未来完了形です。今現在から未来にかけてを表す言い方になります。 言いたい文章が過去形だとすると、私はあなたと本当に会いたかったと言う意味になり、againは必要ではありません。
meetを使っても通じますが、meetは初めて会う時に使うので、もしまた未来に逢いたいという意味で使いたいならsee を使って、
I would have liked to see you again. の方がいいでしょう。
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