I have to call each shop one by one to confirm if they have this item
惜しいです! "I have to call one by one" はほとんど合ってるんだが英語の文は主語が必要です。誰を一々コールしないといけないのかははっきりしないと相手がわかりません。
I have to call each shop one by one
I have to call = 電話しないと
each shop = 各店
one by one = 一々。この場合では「一軒一軒」
「各店を一軒一軒電話かけないといけない」という意味です。
to confirm = 確認するために
if they have = 持っているかどうか
this item = このアイテム
全部合わせたら「このアイテムを持っているかどうかを確認するために、各店を一軒一軒電話かけないといけない」みたいな感じになります。