日本語とアイヌ語が全然違う言語と言う文脈であれば「２つの異なる言語」と少し意訳をして解釈をして two different languages と言うといいですね。
The Japanese and Ainu language are two different languages.
日本語とアイヌ語は２つの異なる言語です
The Tohoku dialect and Kansai dialect are two different dialects in Japan.
東北弁と関西弁は２つの異なる日本の方言です
アメリカ合衆国 
