Sorry? は通常の聞き返しでも使えますが、少し怪訝そうな顔をして、「え？なんて言ったの？」という感じで聞いてみましょう。
What did you say? は文字通り、「何て言ったの？」という意味です。友人同士で使うような、少しカジュアルな感じの言い方ですが…（あまり親しくない相手に対してやフォーマルな場では使わない方が無難です）。
「なんて！？」というニュアンスです。聞き取れなかったからもう一度言ってもらいたい時は"sorry, what did you say?"でいいと思います。もし聞き取れたけどびっくりしてることを伝えたいことでしたら"what??"の方がいいと思います。
また、「今なんて言った？」という意味で"what did you just say?"という表現もありますが、怒っている時に「もう一回言ってみろよ」という感じで使います。
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