Even though you have a cute face you are ruining it by......
Even though you have a pretty face you are ruining it by.....
この場合は可愛いが台無しと言いたいということなので、その言い方を回答しましたが、この場合は可愛いが台無しなぜなら....という場合が多いので、たとえとして何個か言い方を説明で使わせてもらいます。
Even though you have a pretty face you are ruining it by having braces on. は矯正しているので、可愛い顔が台無しになってるよという意味として使います。
さらにEven though you have a cute face you are ruining it by always saying mean things. は可愛い顔をしているのに、いじわるばっか言ってるから可愛い顔が台無しだよという意味として使いました。
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