文にもよりますが、「心を込める」は pour one's heart into ...
「思いを込める」は with all one's heart などと言えるかなと思います。
I poured my heart into making several dozen paper cranes.
「私は数十羽の折り鶴を心を込めて折った。」
several dozens で「数十」
paper cranes「折り鶴」
I sang the new song with all my heart.
「私は新しい歌を思いを込めて歌いました。」
with all my heart は、「心を込めて」や「心から」と訳しても間違いではないです。
ご参考になれば幸いです!