私は上司と合わないって英語でなんて言うの？

I don't get along with my boss.
→私は上司と馬が合わない。

「私は上司と合わない」は「I don't get along with my boss.」と言えます。

「get along」は「仲良くやっていく」という意味です。

【例】

I don't get along with my parents.
→両親とは馬が合わない。

They just don't get along.
→彼らは馬が合わない。

They seem to get along with each other.
→あの二人気が合うみたい。

ご質問ありがとうございました。

be compatible with ～は「～と相性が合う」の意味です。
なので、
「私は上司と合わない」なら、
I'm not compatible with my boss.
のように言えます。

以上です。
少しでも参考になれば幸いです(^_^)