I won't be in Japan on that day because I will have already left.
もうすでに、を強調したいなら already を使って言うと良いです。
この文は未来の話で、その日にはもういない、と言っているのですから未来完了が使えますね。
ーI will have already left Japan by then.
「その時にはもうすでに日本を去っています。」「日本にはいません」となりますね。
ーI won't be in Japan on that day because I will have already left.
「その日には日本にはいないでしょう。なぜならもうすでに日本を経っているからです。」
このように言っても良いですね。でも最初の文の方が簡単で、tsuru22さんの言いたい通りに表現できますよ。
ご参考まで！
I won't be in Japan on that day!
その日は日本にいないです！
I'm not going to be in Japan on that day.「その日は日本にいない予定です」 でも通じると思いますが、will not ＝ won't の方が強い意志が込められているように感じることもあります。未来形なので、より確実にくる未来という感じがするといえばいいでしょうか。それで十分強調されると思うので、何か単語を足す必要はないと思います。
I'm going to wake up early tomorrow. 明日は早く起きる予定です。
I'll wake up early tomorrow. 明日は早く起きる。（断定）
yet は「まだ」なので、違います。もし使おうとするなら全く違う意味になります。
I'm not going to leave Japan yet. まだ日本を去らない。
I'll have already left Japan on that day.
その日には既に日本を出ています。
上記のように英語で表現することができます。
already は「既に」という意味の英語表現です。
have already left で「既に出発した」です。
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