申請書とは別に理由書を作る必要があるって英語でなんて言うの？

「申請書」は application とか application form と言います。
「理由書」は statement of reasons とか justification などの言い方がございます。

自ら理由書を作らないといけないことを誰かに説明する場合は、
I need to make a statement of reasons along with the application （私は申請書と一緒に理由書を作らないといけない）となります。

条件の説明として書くのであれば、a statement of reasons must be made とか you must create a statement of reasons などの言い方がございます。どうぞご参考に。

配偶者ビザは「Spouse visa」または「Spousal visa」と呼びます。

申請書は「Application form」です。

理由書は確認しましたが「Written statement of reasons」とありました。

従って、「Besides filling out the application form, I need a written statement of reasons」を提案しました。

Besidesは「とは別に」の部分に該当します。

質問者様のお求めの英語は次の通りになります：
- On the application form, I need to write down significant events in chronological order. Besides that, I need to create a written statement of reasons explaining in detail those aforementioned events.