Did you really make this? It's not from the store?
「これ本当に作ったの？」は Did you really make this? とか You made this? となります。
「買ったんじゃなくて？」はYou didn't buy it?（買ったんじゃなくて？） とか Are you sure this isn't bought? （本当にこれ買ったものじゃないの？）とか It's not from the store? （お店のじゃないの？）などです。
基本的には「〜じゃなくて」は it's not 〜 というようになりますが、その文章にもよります。
Did you really make this yourself? Are you sure you didn't buy this?
この場合、次のような言い方ができますよ。
ーDid you really make this yourself? Are you sure you didn't buy this?
「これ本当にあなたが作ったの？買ったんじゃなくて？」
ここの「〜じゃなくて？」は Are you sure you didn't ...? を使って表現できます。
ご参考まで！
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