ご質問ありがとうございます。
「乱される」は英語に訳しにくいです。大体「is in disorder」や「is in disarray」となりますが、「pace is in disorder」と聞いておかしいです。
なので、「different paces」＝「別のペース」と言います。自然だし、誰でもに言っても伝わると思います。
「we have」や「we run at」のどっちでも良いです。
ご参考になれば幸いです。
こんにちは！
ご質問ありがとうございます。
ご質問について、いくつか言い方が考えられますが、例えば、
Running with you throws off my pace.
とすると、「君と走ると[ペース](https://eikaiwa.dmm.com/uknow/questions/71481/)が乱される。」となります。
役に立ちそうな単語とフレーズ
throw off 乱す
pace ペース
参考になれば幸いです。
アメリカ合衆国 
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