There was a disc in the drive when I shut down my computer.
「pcをシャットダウンする時は、CDなどのディスクを入れっぱなしでするのはよくないらしく」というのは I've heard that shutting down your computer with a cd or a disc in the drive is not good で表現できます。
「オープンして(開けっぱなしして)からシャットダウンした方が良い」は It's better to shut down your computer with nothing in the disc drive で言えます。
参考になれば幸いです。