If you bend your knees a bit when you brush your teeth, your back won't hurt
Bend overでも合っているかと思いますが少し膝を曲がるというのを「Bend your knees a bit」か「Bend your knees slightly」と言え、より丁寧な言い方ですし、Bend overだけですと膝を動かずに屈まるだけという動きを指すことになります。
歯を磨く時は「When you brush your teeth」や「When brushing your teeth」などという言い方があります。
腰が痛めませんというのを「Your back won't hurt」(確実に痛みを感じない)や「Your back shouldn't hurt」(痛めないでしょう)と言えます。